„Die „Regensburger Domspatzen“ verkünden durch ihren Gesang das Lob Gottes. In vertrauensvoller und offener Zusammenarbeit wollen Lehrer, Präfekten und Mitarbeiter den Schülern in Partnerschaft mit deren Eltern ein Umfeld bieten, in dem die Domspatzen auf der Grundlage christlichen Menschen- und Weltverständnisses in einer ganzheitlichen Persönlichkeitsentwicklung gefördert werden. Aufgabe aller ist es, den Schülern eine breite gymnasiale und musikalische Bildung zu vermitteln sowie sie zu Selbstbestimmung, verantwortlichem Handeln und zum Dienst an der Gesellschaft zu qualifizieren. Diesen Zielen wissen sich Chor, Schule und Internat verpflichtet.“ So steht es in der Satzung der „Stiftung Regensburger Domspatzen“.
Unter dem Dach der Stiftung sind etwa 160 Mitarbeitende in Chor, Grundschule und Gymnasium, Internat, Hauswirtschaft und Verwaltung sowie drei Schwestern des Mallersdorfer Klosters der armen Franziskanerinnen für die Domspatzen tätig. Sie arbeiten gemeinsam an der satzungsgemäßen Umsetzung des ganzheitlichen, christlichen Bildungs- und Erziehungsideals, dem sich die Stiftung verpflichtet hat.
Die beiden Stiftungsorgane Stiftungsrat und Stiftungsvorstand bilden dabei den beaufsichtigenden und leitenden Rahmen. Je drei Vertreter aus dem Domkapitel und aus dem Vorstand des Domchorvereins bilden den Stiftungsrat.